Aan het begin van de Tweede Wereldoorlog was Faÿ professor aan het Collège de France. Hij werd tijdens de bezetting benoemd tot beheerder van de Bibliothèque nationale de France en directeur van de anti-Vrijmetselaarsdienst van het Vichy-regime. Tijdens zijn periode in deze functie was zijn secretaris Gueydan de Roussel belast met de aanleg van een kaartsysteem met 60.000 namen, afkomstig uit de in beslag genomen archieven van geheime genootschappen waarvan maarschalk Philippe Pétain overtuigd was dat zij de kern waren van alle problemen in Frankrijk; lijsten van namen van vrijmetselaars werden vrijgegeven in het officiële blad van de Vichy-regering en er werd in veel katholieke kranten gepubliceerd om een publiek schandaal uit te lokken. Faÿ publiceerde tijdens de vierjarige bezetting het maandelijkse magazine Les Documents maçonniques (“Vrijmetselaarsdocumenten”). In dit magazine werden historische studies van de vrijmetselarij gepubliceerd, essays over de rol van de vrijmetselarij in de samenleving en regelrechte antivrijmetselaarspropaganda. Verder maakte hij een film en organiseerde congressen en een grote tentoonstelling in het Petit Palais in Parijs (oktober-november 1941). Faÿ was verantwoordelijk voor de dood van vele vrijmetselaars en bijna 1.000 deportaties naar Duitsland.

• Trefwoorden
  Geschiedenis vrijmetselarij, Frankrijk, Intellectuele stromingen, 18e eeuw, Antivrijmetselarij